人体的免疫系统就好像保卫个体的军队一般，是用来防御身体免于受外来细菌、病毒等的入侵，是保护身体的一种生理机制。

正常情况下，免疫系统是身体的防卫军，侦测到细菌、病毒等外来物质入侵时，会产生抗体、攻打病菌。

但当免疫系统失调，这支防卫军却会反过头来攻击自己。

免疫系统可能会产生出对抗自己身体内正常细胞（甚至细胞内的各种正常组成部份）的抗体，造成不正常的过度发炎反应或是组织伤害，进而影响身体健康引发自体免疫疾病（Autoimmune disease）。

也就是说，如果免疫系统失控，就会制造出许多不正常的“自体抗体”，把身体自己的细胞、器官当做外物一般地攻击，就是所谓的“自体免疫”现象。